# Nejvyšší správní soud, sp. zn. 8 Afs 1/2026

- Soud: Nejvyšší správní soud
- Spisová značka: 8 Afs 1/2026
- Číslo jednací: 8 Afs 1/2026-27
- ECLI: ECLI:CZ:NSS:2026:8.Afs.1.2026.27
- Typ rozhodnutí: Rozsudek
- Datum rozhodnutí: 5. 10. 2026
- Datum zveřejnění: 5. 10. 2026
- Klíčová slova: Dotace, rozpočtová pravidla

## Výrok

I. Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 17. 12. 2025, č. j. 15 A 16/2025-31, a rozhodnutí žalovaného ze dne 17. 12. 2024, č. j. MZE 77739/2024-14113, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti částku 47 022,50 Kč k rukám jejího zástupce Mgr. Milana Edelmanna, advokáta, a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

## Odůvodnění

[1] Nejvyšší správní soud se zabýval otázkou přípustnosti kasační stížnosti a prekluzí práva uložit penále.
I. Vymezení věci
[2] Rozhodnutím Státního zemědělského intervenčního fondu (dále jen "SZIF") ze dne 19. 6. 2017, č. j. SZIF/2017/0446079 (v právní moci dne 19. 9. 2017), byla žalobkyni uložena povinnost vrátit finanční prostředky v celkové výši 6 000 000 Kč, které jí byly poskytnuty jako dotace v rámci Programu rozvoje venkova ČR. Rozhodnutí bylo žalobkyni doručeno dne 26. 6. 2017 a vykonatelným se stalo dne 26. 8. 2017. Žalobkyně proti němu podala odvolání, které žalovaný zamítl rozhodnutím ze dne 18. 9. 2017, č. j. 47719/2017-MZE-14113.
[3] Dne 17. 4. 2024 doručil SZIF žalobkyni oznámení o zahájení řízení o zaplacení penále, neboť žalobkyně na účet SZIF nevrátila žádné finanční prostředky, tzn. ani část z celkových 6 000 000 Kč dotace. Dle SZIF vzniklo penále ve výši 6 000 000 Kč s ohledem na § 11a odst. 4 zákona č. 256/2000 Sb., o Státním zemědělském intervenčním fondu a o změně některých dalších zákonů (dále jen "zákona o SZIF").
[4] Rozhodnutím SZIF ze dne 6. 6. 2024, č. j. SZIF/2024/0403471, byla žalobkyni uložena povinnost zaplatit SZIF penále ve výši 6 000 000 Kč z důvodu opožděného vrácení finančních prostředků, které jí byly poskytnuty jako dotace v rámci nadepsaného dotačního programu.
[5] Proti prvostupňovému rozhodnutí SZIF ze dne 6. 6. 2024 se žalobkyně odvolala. V záhlaví označeným rozhodnutím ze dne 17. 12. 2024 však žalovaný toto odvolání zamítl a rozhodnutí SZIF ze dne 6. 6. 2024 potvrdil.
[6] Následně žalobkyně napadla toto rozhodnutí žalovaného správní žalobou podle § 65 a násl. s. ř. s., v níž namítla, že na posuzovaný případ bylo třeba aplikovat zákon č. 182/2006 Sb., o úpadku a způsobech jeho řešení (dále jen "insolvenční zákon"), jako lex specialis. K tomu poukázala na skutečnost, že byl usnesením Krajského soudu v Plzni ze dne 20. 9. 2016, č. j. KSPL 65 INS 18485/2016-A-9, zjištěn její úpadek a byla povolena její reorganizace. Usnesením Krajského soudu v Plzni ze dne 3. 2. 2021, č. j. KSPL 65 INS 18485/2016-B-262, bylo dále rozhodnuto o přeměně reorganizace žalobkyně na konkurs. Usnesením Krajského soudu v Plzni ze dne 2. 11. 2023, č. j. KSPL 65 INS 18485/2016-B-396, byl poté konkurs na majetek žalobkyně zrušen (s nabytím právní moci dne 21. 11. 2023). Na tomto základě tak žalobkyně dovozovala, že na právní vztahy v období od 20. 9. 2016 do 21. 11. 2023 bylo nutno aplikovat insolvenční zákon.
[7] Žalobkyně pak blíže namítla nezákonnost rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017, jímž jí byla uložena povinnost vrátit finanční prostředky dotace a které dle jejího názoru ani nenabylo právní moci a není vykonatelné. Dané rozhodnutí totiž bylo dle jejího názoru vydáno v rozporu s účinky zahájeného insolvenčního řízení vedeného na její majetek. SZIF neuplatnil právo na vrácení poskytnuté dotace přihláškou do insolvenčního řízení, ač tak učinit měl a mohl. V řízení o uložení povinnosti vrátit dotaci tudíž SZIF postupoval i přes překážku zahájeného a vedeného insolvenčního řízení. Žalobkyně dále namítla, že řízení o uložení povinnosti vrátit poskytnuté finanční prostředky, předcházející vydání rozhodnutí o penále, nebylo vedeno za účasti jejího insolvenčního správce, resp. mu nebylo doručeno ani konečné rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017. Žalobkyně též uvedla, že ve smyslu insolvenčního zákona (konkrétně § 170) po dobu trvání účinků zahájeného insolvenčního řízení vedeného na její majetek vůbec nárok na penále (jako příslušenství) neběžel a běžet nemohl. Závěrem žaloby žalobkyně namítla prekluzi práva na vymáhání penále.
[8] Městský soud žalobu zamítl, neboť ji neshledal důvodnou. Úvodem zdůraznil, že přezkoumávaným aktem bylo rozhodnutí žalovaného ze dne 17. 12. 2024 o penále z titulu opožděného vrácení dotace, nikoliv rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 o samotné povinnosti dotaci vrátit. Námitky zpochybňující zákonnost, právní moc či vykonatelnost tohoto dřívějšího rozhodnutí proto městský soud nepovažoval za případné, jelikož je žalobkyně měla uplatnit v žalobě směřující právě proti tomuto předcházejícímu rozhodnutí. Současně městský soud uvedl, že rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 o vrácení dotace bylo žalobkyni nepochybně doručeno, přičemž proti němu sama žalobkyně podala odvolání. Dále doplnil, že v době jeho vydání byla žalobkyni povolena reorganizace, a proto náleželo dispoziční oprávnění k majetkové podstatě jí, nikoliv insolvenčnímu správci. Dle městského soudu tak nebyl důvod doručovat rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 insolvenčnímu správci. Nad rámec uvedeného městský soud též dodal, že se odkazované rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci dostalo rovněž do dispozice insolvenčního správce žalobkyně, a to nejpozději dne 2. 12. 2019.
[9] Městský soud se poté neztotožnil ani s žalobní argumentací, že na právní vztahy v období od 20. 9. 2016 do 21. 11. 2023 bylo třeba aplikovat insolvenční zákon. Skutečnost, zda se žalovaný (resp. SZIF) měl domáhat své pohledávky v rámci insolvenčního řízení, totiž nebyla pro projednávaný případ podstatná. K tomu městský soud uvedl, že byl konkurs žalobkyně zrušen podle § 308 odst. 1 písm. b) insolvenčního zákona - tj. nedošlo ke zrušení konkursu se zánikem dlužníka bez právního nástupce. Pohledávka na vrácení dotace tudíž nezanikla a po skončení insolvenčního řízení ji mohl SZIF požadovat. Navíc sama žalobkyně dotaci SZIF vrátila v plné výši ke dni 3. 9. 2024.
[10] K námitce, že penále nemohlo narůstat v době insolvenčního řízení, městský soud uzavřel, že § 170 insolvenčního zákona upravuje toliko možnost uspokojení v něm uvedených pohledávek v insolvenčním řízení. Nevede však k jejich zániku, ani ke stavení počítání příslušenství. Účinky insolvenčního řízení tedy ve věci nezměnily vykonatelnost rozhodnutí SZIF o vrácení dotace, která nastala dne 26. 8. 2017, a nijak nebránily ani samotnému narůstání penále.
[11]  Za nedůvodnou městský soud označil rovněž námitku týkající se prekluze penále. Nepřisvědčil tak názoru žalobkyně, že za každý den prodlení vzniká samostatný nárok na penále s vlastní čtyřletou prekluzivní lhůtou. Penále posoudil jako sankci související s pokračující nesrovnalostí a jako jednotný, kontinuálně vznikající nárok, jenž trvá do splnění povinnosti, případně do dosažení stanoveného stropu. V daném případě dosáhlo penále maximální výše 6 000 000 Kč dne 23. 5. 2020. Řízení o jeho uložení bylo zahájeno 17. 4. 2024, tedy dle městského soudu před uplynutím čtyřleté prekluzivní lhůty. Právo na uložení penále proto ani zčásti nezaniklo.
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného
[12] Žalobkyně (dále "stěžovatelka") napadla v záhlaví označený rozsudek městského soudu kasační stížností. V ní nejprve obecně namítla jeho nezákonnost spočívající v nesprávném posouzení právních otázek souvisejících s účinky insolvenčního řízení vedeného na její majetek. Měla za to, že městský soud nesprávně převzal argumentaci žalovaného a SZIF, aniž by zohlednil speciální úpravu obsaženou právě v insolvenčním zákoně. Zdůraznila, že insolvenční zákon, vycházející též z unijní právní úpravy, představuje ve vztahu k ostatním aplikovaným předpisům právní úpravu speciální.
[13] Následně stěžovatelka zpochybnila právní moc a vykonatelnost rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017, kterým jí byla uložena povinnost vrátit poskytnutou dotaci. Tvrdila, že po zahájení insolvenčního řízení nebyl SZIF oprávněn pokračovat v řízení o vrácení dotace, neboť měl svůj nárok uplatnit přihláškou do insolvenčního řízení. V této souvislosti odkázala zejména na rozhodnutí insolvenčního soudu, z něhož podle jejího názoru vyplývá, že daná pohledávka měla být uplatněna právě tímto způsobem. I z tohoto důvodu podle ní nemohla být založena povinnost hradit penále.
[14] Dále namítla, že rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 bylo doručeno pouze jí, avšak nebylo řádně doručeno jejímu insolvenčnímu správci. Podle názoru stěžovatelky tak dané rozhodnutí nemohlo nabýt právní moci a vykonatelnosti. Skutečnost, že se její insolvenční správce s rozhodnutím seznámil až později prostřednictvím insolvenčního soudu, podle ní nemohlo řádné doručení nahradit. Stěžovatelka uvedla, že měl městský soud prejudiciálně posoudit otázku existence pravomocného a vykonatelného rozhodnutí jako předpokladu pro vznik nároku na penále.
[15] Stěžovatelka poté namítla nesprávnost hodnocení městského soudu ohledně počítání penále po dobu insolvenčního řízení. K tomu konstatovala, že po dobu trvání účinků insolvenčního řízení nemohlo penále jako příslušenství pohledávky vůbec vznikat ani narůstat. Odkázala na § 170 insolvenčního zákona, podle něhož jsou určité nároky na příslušenství z uspokojení v insolvenčním řízení vyloučeny. V tomto ohledu tedy dovodila, že za období od vydání rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 do skončení insolvenčního řízení nebylo možné penále počítat. Pokud by nárok na penále vůbec vznikl, mohlo se tak podle ní stát až po skončení insolvenčního řízení, tedy ode dne 22. 11. 2023 do vrácení dotace dne 3. 9. 2024.
[16] Konečně stěžovatelka nesouhlasila ani se závěrem městského soudu stran nepromlčení nároku na penále. Namítla, že penále představuje nárok vznikající postupně za každý jednotlivý den trvání porušení povinnosti, nikoliv jednorázový nárok vzniklý k určitému datu. Z toho dovodila, že se také postupně promlčuje, a to vždy samostatně ve vztahu ke každému dni, za nějž bylo penále účtováno. Jestliže bylo řízení zahájeno dne 17. 4. 2024, bylo podle stěžovatelky penále vztahující se k období před 17. 4. 2020 již promlčeno. SZIF tak mohl uplatňovat pouze penále za následné období, nikoliv za celou dobu, kterou zahrnul do svého nároku. Městský soud se podle stěžovatelky s touto otázkou vypořádal nesprávně a vyložil běh promlčecí doby nepřiměřeně ve prospěch SZIF.
[17] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti prvně poukázal na její nepřípustnost. K tomu uvedl, že nejsou-li kasační námitky ničím jiným než opakováním námitek již uplatněných v předchozím řízení, je namístě kasační stížnost odmítnout. Podle žalovaného kasační stížnost stěžovatelky v podstatné míře pouze reprodukuje argumentaci uplatněnou už v odvolacím a následně žalobním řízení, aniž by věcně reagovala na rozhodující úvahy městského soudu. Za stěžovatelkou opomenuté považoval žalovaný závěry týkající se rozsahu soudního přezkumu, vypořádání jednotlivých žalobních námitek, otázky doručování v průběhu reorganizace stěžovatelky a dále právního posouzení běhu penále a otázky prekluze. Stěžovatelka tedy nijak nekonkretizovala, v čem jsou závěry městského soudu nesprávné, ani s nimi nevedla věcnou polemiku. Kasační argumentace se proto podle žalovaného míjela s nosnými důvody napadeného rozsudku.
[18] Nad rámec uvedeného žalovaný poukázal na závěr městského soudu týkající se povahy penále. V této souvislosti odkázal na rozsudek Soudního dvora Evropské unie (dále jen "SDEU") ze dne 15. 6. 2017, ve věci C-436/15, Alytaus, z něhož dovodil, že pokračující nesrovnalost je dána tehdy, pokud protiprávní opomenutí nadále trvá. Takovou situací je i nevrácení neoprávněně získaných prostředků ve stanovené lhůtě. Osoba, která neoprávněně zadržené prostředky nevrátí, po celou dobu disponuje ekonomickou výhodou spočívající v možnosti s těmito prostředky nakládat, využívat je k financování své činnosti, k úhradě jiných závazků nebo k získávání dalšího majetkového prospěchu. Z uvedených důvodů žalovaný vyslovil názor, že nevrácení dotace nelze považovat za jednorázové porušení povinnosti.
III. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[19] Kasační stížnost je důvodná.
III.1 Přípustnost kasačních námitek
[20] Nejvyšší správní soud se nejprve zabýval přípustností vznesených kasačních námitek. Podle § 104 odst. 4 s. ř. s. kasační stížnost není přípustná, opírá-li se jen o jiné důvody, než které jsou uvedeny v § 103, nebo o důvody, které stěžovatel neuplatnil v řízení před soudem, jehož rozhodnutí má být přezkoumáno, ač tak učinit mohl. Shora uvedené pravidlo se vztahuje jak na posouzení přípustnosti kasační stížnosti jako celku, tak i na posouzení přípustnosti jednotlivých kasačních námitek (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 9. 2004, č. j. 1 Azs 34/2004-49, ze dne 25. 9. 2008, č. j. 8 Afs 48/2006155, či ze dne 11. 1. 2024, č. j. 7 As 135/2023-41).
[21] V této souvislosti Nejvyšší správní soud připomíná, že kasační stížnost je mimořádným opravným prostředkem proti pravomocnému rozhodnutí městského soudu ve správním soudnictví. Řízení o kasační stížnosti je ovládáno zásadou dispoziční, přičemž stěžovatelka vymezuje rozsah přezkumu napadeného rozsudku. Stěžovatelka proto musí ve smyslu výše citovaného ustanovení soudního řádu správního v kasační stížnosti reagovat právě na argumentaci městského soudu a uvádět, z jakých důvodů jsou jeho závěry nesprávné (usnesení Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 6. 2003, č. j. 6 Ads 3/2003-73, ze dne 30. 6. 2020, č. j. 10 As 181/2019-63, nebo ze dne 18. 11. 2021, č. j. 5 As 332/2020-21). Musí tedy vylíčit, kterých konkrétních nezákonných kroků, postupů, úkonů, úvah, hodnocení či závěrů se měl městský soud dopustit v procesu vydání rozhodnutí nebo přímo rozhodnutím samotným, a rovněž ozřejmit svůj právní náhled na to, proč se má jednat o nezákonnost (rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 12. 2005, č. j. 2 Azs 92/2005-58, č. 835/2006 Sb. NSS, či rozsudek téhož soudu ze dne 24. 1. 2023, č. j. 6 As 358/2021-38). Pokud tak neučiní a pouze znovu zopakuje námitky, které uvedla už v řízení před městským soudem, aniž by dostatečně reflektovala argumentaci městského soudu, pak za předpokladu, že uvedené námitky městský soud již vypořádal vlastní svébytnou argumentací a nelze v jejich opakování spatřovat setrvání na dříve vznesené argumentaci, která je i nadále schopná obstát proti závěrům městského soudu, nejsou takové námitky přípustné (usnesení Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 9. 2009, č. j. 7 Afs 106/2009-77, ze dne 29. 6. 2023, č. j. 3 Afs 231/202246, nebo ze dne 7. 11. 2025, č. j. 8 As 126/2025-31).
[22] Nutno k tomu zdůraznit, že účelem kasační stížnosti není ještě jednou, před vyšší instancí, zopakovat vypořádání žalobních bodů, kterými se již zabýval městský soud, nýbrž polemizovat se závěry samotného městského soudu, a tím prověřit jejich zákonnost (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 4. 2025, č. j. 3 As 274/2023153, ze dne 21. 2. 2025, č. j. 3 As 25/202446, nebo usnesení Ústavního soudu ze dne 11. 2. 2008, sp. zn. I. ÚS 1841/07).
[23] Ve světle shora popsaného Nejvyšší správní soud v nyní posuzovaném případě vyhodnotil za nepřípustnou dle § 104 odst. 4 s. ř. s. značně obecnou kasační argumentaci týkající se nezohlednění úpravy obsažené v insolvenčním zákoně. Stejně tak soud shledal nepřípustným kasační tvrzení zpochybňující právní moc a vykonatelnost rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci z důvodu, že toto rozhodnutí nebylo doručeno jejímu insolvenčnímu správci. Dále Nejvyšší správní soud uzavřel, že jsou nepřípustnými také kasační námitky, že po zahájení insolvenčního řízení nebyl SZIF oprávněn pokračovat v řízení o vrácení dotace a že po dobu trvání účinků insolvenčního řízení nemohlo penále jako příslušenství pohledávky vznikat ani narůstat.
[24] Stěžovatelka totiž v těchto částech kasační stížnosti pouze zopakovala žalobní tvrzení bez jakékoliv (relevantní) polemiky se závěry městského soudu uvedenými zejména v bodech 42 až 46 napadeného rozsudku. V nich městský soud nejprve upozornil na skutečnost, že výtky stěžovatelky směřující proti předcházejícímu rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017, tato mohla a měla uplatnit samostatnou správní žalobou. Neučinila-li tak, pak nemohla v nyní vedeném řízení, které se týkalo přezkumu jiného rozhodnutí, svoji dřívější pasivitu dohánět. K tomu městský soud vyložil, že rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 bylo stěžovatelce doručeno jakožto jedinému účastníku řízení. Usnesením Krajského soudu v Plzni ze dne 20. 9. 2016, č. j. KSPL 65 INS 18485/2016A9, byl totiž zjištěn úpadek stěžovatelky a byla povolena její reorganizace, přičemž tak nebylo nutné, aby bylo odkazované rozhodnutí doručeno rovněž insolvenčnímu správci. Osobou s dispozičními právy k majetkové podstatě byla v případě řešení úpadku reorganizací právě stěžovatelka, a nikoliv insolvenční správce. Městský soud též připomněl, že se stěžovatelka ostatně proti rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 bránila odvoláním.
[25] Městský soud poté nesouhlasil ani se žalobní námitkou, že na právní vztahy v období od 20. 9. 2016 do 21. 11. 2023 bylo třeba aplikovat insolvenční zákon. Krajský soud v Plzni usnesením č. j. KSPL 65 INS 18485/2016-B-396, které nabylo právní moci dne 21. 11. 2023, rozhodl o zrušení konkursu stěžovatelky podle § 308 odst. 1 písm. b) insolvenčního zákona, a tudíž SZIF mohl nadále své pohledávky vůči ní vymáhat. Jinými slovy, pohledávka na vrácení dotace nezanikla. SZIF tedy mohl po zrušení konkursu stěžovatelky v souladu s § 312 insolvenčního zákona požadovat splnění povinnosti vrátit dotaci. Polemika nad tím, zda SZIF mohl být v rámci insolvenčního řízení se svou pohledávkou úspěšný, byla dle městského soudu v dané věci nadbytečná a irelevantní, stejně jako otázka toho, jakou měla tato pohledávka povahu z hlediska insolvenčního řízení. Městský soud následně uvedl, že SZIF byl oprávněn požadovat i penále, které ve věci rovněž nezaniklo. Ustanovení § 170 insolvenčního zákona se totiž týká pouze uspokojení pohledávek v průběhu insolvenčního řízení a žádným způsobem z něj nelze dovodit, že by pohledávky, které jsou vyloučeny ze způsobu řešení úpadku, automaticky zanikly nebo nenarůstaly, popř. se posunul jejich začátek. Jestliže SZIF dne 17. 4. 2024 zahájil řízení o povinnosti zaplatit penále v celé výši, postupoval dle městského soudu v souladu s právní úpravou, neboť v důsledku insolvenčního řízení nedošlo k posunu vykonatelnosti správního rozhodnutí ani k zániku mimosmluvní sankce. Argumentace stěžovatelky, že za dobu od rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 nemohlo penále narůstat, neboť bylo vyloučeno dle insolvenčního zákona, tak neměla dle městského soudu oporu v insolvenčním zákoně. Ve věci došlo ke zrušení konkursu podle § 308 odst. 1 písm. b) insolvenčního zákona, nešlo tedy o specifický případ zániku dlužníka podle § 311 insolvenčního zákona. Nezanikl proto ani nárok na penále, který vznikl po rozhodnutí o úpadku na základě rozhodnutí SZIF ze dne 19. 6. 2017 o vrácení dotace, které bylo vykonatelné dne 26. 8. 2017. Podle městského soudu proto nebylo pravdou, že za dobu trvání účinků insolvenčního řízení ve věci nemohlo narůstat žádné příslušenství pohledávky (penále).
[26] Stěžovatelka tak prostým zopakováním žalobních bodů na výše rekapitulované závěry městského soudu v kasační stížnosti nereagovala, resp. je nijak konkrétně nezpochybnila konkurujícími tvrzeními. Za dané situace - tj. bez odpovídající kasační argumentace - nebylo úkolem Nejvyššího správního soudu za stěžovatelku domýšlet, proč má za to, že jsou závěry městského soudu chybné. Shora popsané kasační námitky proto nebylo možno projednat, neboť fakticky nesměřovaly proti rozhodovacím důvodům městského soudu.
III.2 Posouzení přípustné kasační námitky
[27] Nejvyšší správní soud se v projednávané věci následně zabýval kasačním tvrzením stran promlčení (pozn. soudu - reálně se jedná o prekluzi) nároku na penále. I v tomto ohledu předně řešil otázku přípustnosti dané kasační námitky, jelikož ta ve své podstatě - tj. tak, jak byla stěžovatelkou formulována - představovala prosté zopakování již dříve uplatněného žalobního bodu. Protože se však jednalo o otázku prekluze práva, ke které správní soudy přihlížejí ex officio, považoval ji Nejvyšší správní soud za přípustnou bez ohledu na to, jakým způsobem byla stěžovatelkou v rámci kasační argumentace konkrétně formulována (nálezy Ústavního soudu ze dne 5. 2. 2009, sp. zn. II. ÚS 1416/07, ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, či ze dne 29. 4. 2010, sp. zn. III. ÚS 1341/08, nebo rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 9. 2022, č. j. 7 Afs 85/2022-33, ze dne 19. 6. 2024, č. j. 3 Afs 248/2023-135, ze dne 14. 8. 2025, č. j. 8 Afs 102/2022-67, a ze dne 30. 6. 2026, č. j. 3 Afs 247/2023-126). Ostatně z nadepsané judikatury Ústavního soudu a Nejvyššího správního soudu plyne, že i bez příslušné žalobní či kasační námitky, musí správní soudy z úřední povinnosti zkoumat, zda v posuzované věci nedošlo k uplynutí prekluzivní lhůty, a tím i k zániku oprávnění správního orgánu ke stanovení určité povinnosti jednotlivci.
[28] Podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení Rady EU ze dne 18. 12. 1995, č. 2988/95, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen "nařízení č. 2988/95"), činí promlčecí doba pro zahájení stíhání čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. předmětného nařízení. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky.
[29] Podle čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 v případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu.
[30] Dle čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce téhož nařízení se promlčecí doba pro stíhání přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení.
[31] Dle čl. 3 odst. 3 daného nařízení si členské státy ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.
[32] K tomu Nejvyšší správní soud pro úplnost upozorňuje, že již v rozsudku ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, dovodil, že "čl. 3 nařízení č. 2988/95, jak je zřejmé z jeho znění, v sobě zahrnuje úpravu několika prekluzivních lhůt. Byť toto nařízení označuje lhůty jako 'promlčecí', ze znění čl. 3 citovaného nařízení, jakož i z jeho teleologického výkladu nemá zdejší soud pochyb o tom, že jde o lhůty prekluzivní. Tento výklad potvrzuje také např. stanovisko generálního advokáta Manuela Campos Sánchez Bordony ze dne 8. 9. 2016 k věci C-584/15 (viz body 24 až 26)."
[33] Podle čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 se nesrovnalostí rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje.
[34] Podle § 11a odst. 4 zákona o SZIF, ve znění účinném do 31. 12. 2022, platilo, že v případě, kdy příjemce dotace nedodrží lhůtu stanovenou pro její vrácení, je povinen zaplatit Fondu penále ve výši 1 ‰ denně z částky dotace, kterou je povinen vrátit, nejvýše do výše této částky. V případě uzavření dohody o splátkách Fond sjedná s příjemcem dotace úrok z prodlení a další podmínky podle zvláštního právního předpisu; po dobu účinnosti dohody o splátkách se příjemci dotace neúčtuje penále. Dané ustanovení ve znění účinném od 1. 1. 2023 poté stanoví, že v případě, kdy příjemce dotace nedodrží lhůtu stanovenou pro její vrácení, je povinen zaplatit Fondu penále ve výši 1 ‰ denně z částky dotace, kterou je povinen vrátit, nejvýše do výše této částky). Fond zahájí řízení o povinnosti podle věty předchozí do 4 let ode dne vrácení neoprávněné platby dotace nebo jejího započtení podle odstavce 10, nejpozději však do 4 let ode dne, kdy penále dosáhlo částky dotace, kterou je příjemce povinen vrátit. V případě uzavření dohody o splátkách Fond sjedná s příjemcem dotace úrok z prodlení a další podmínky podle zvláštního právního předpisu; po dobu účinnosti dohody o splátkách se příjemci dotace neúčtuje penále.
[35] Městský soud v projednávané věci, ve shodě se závěrem žalovaného, uvedl, že v případě penále spočívá nesrovnalost v nevrácení dotace a trvá (resp. pokračuje) do dne splnění povinnosti, popř. do vrácení dotace nebo do dosažení maximální výše penále. Nejpozdějším okamžikem pro započetí běhu prekluzivní lhůty byl tedy dle městského soudu den dosažení maximální výše penále - tj. 23. 5. 2020. V tomto případě bylo řízení o povinnosti zaplatit penále zahájeno dne 17. 4. 2024, a tudíž před uplynutím čtyřleté prekluzivní lhůty. Městský soud v tomto kontextu poukázal i na rozsudek SDEU Alytaus, z něhož mj. plyne, že nesrovnalost musí být považována za pokračující, pokud opomenutí představující porušení ustanovení unijního práva nadále trvá. V daném případě se tak dle městského soudu jednalo o pokračující nesrovnalost. Ztotožnil se proto s názorem žalovaného, že šlo o souvislý právní nárok s kontinuálním během. Tomu pak dle městského soudu odpovídá i zákonná formulace "nejpozději však do 4 let ode dne, kdy penále dosáhlo částky dotace, kterou je příjemce povinen vrátit." Městský soud tak nepovažoval žádnou část penále za prekludovanou.
[36] V projednávané věci je tedy klíčová otázka správného určení začátku běhu prekluzivní lhůty pro zahájení stíhání dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 (popř. zda v průběhu této lhůty nedošlo k jejímu přerušení).
[37] Generální advokát Manuel Campos Sánchez Bordona ve stanovisku ze dne 8. 9. 2016, ve věci C-584/15, Glencore Céréales France uvedl, že podle judikatury SDEU se za pokračující nebo opakovanou nesrovnalost ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 považuje nesrovnalost, které se dopustil hospodářský subjekt, jenž těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, jimiž je porušováno totéž ustanovení unijního práva (rozsudek SDEU ze dne 11. 1. 2007, ve věci C-279/05, Vonk Dairy Products). "Nesrovnalosti, na které odkazuje čl. 3 odst. 1 druhý pododstavec nařízení č. 2988/95, jsou věcné povahy, předpokládají tedy odlišná porušení (pokračující nebo opakovaná v čase) věcného režimu, který upravuje podpory. Dopustil-li se hospodářský subjekt těchto věcných porušení, a tím neoprávněně získal hospodářskou výhodu, vzniká povinnost vrátit jistinu a úroky, ale samotné neuhrazení těchto úroků nepředstavuje nové porušení nebo nesrovnalost." Ze stanoviska generálního advokáta dále vyplývá, že i pokud by bylo spatřováno v postupném nabíhání úroků porušení právní povinnosti (hospodářské výhody), toto porušení by nepocházelo ze souboru podobných operací, "neboť pohledávka týkající se úroků není výsledkem několika operací." Dodal, že "tento postup výpočtu ve vývoji neznamená, že hospodářský subjekt porušuje každý den totéž pravidlo unijního práva a uskutečňuje podobnou operaci jako předchozí den." Uvedeným východiskům odpovídá i rozsudek SDEU ze dne 2. 3. 2017, ve věci C-584/15, Glencore Céréales France. Ten ve vztahu k pohledávkám z úroků z titulu vrácení dotací uvedl, že tyto je třeba považovat za "pohledávky vyplývající z téže nesrovnalosti, ve smyslu čl. 1 odst. 1 nařízení č. 2988/95, jako je nesrovnalost způsobující vrácení neoprávněně získaných podpor a částek tvořících hlavní pohledávky." Podle SDEU nelze vnímat úroky z titulu vrácení dotace jako pokračující nebo opakovanou nesrovnalost.
[38] Stejnou optikou je třeba nahlížet i na penále z titulu opožděně vrácené dotace. Jak už totiž dříve vyložil Nejvyšší správní soud v rozsudcích ze dne 16. 8. 2023, č. j. 7 Afs 1/2023-33, či ze dne 6. 3. 2026, č. j. 10 Afs 2/2026-33, to je totiž svou povahou podobné úrokům, o jejichž zaplacení (prekluzi) rozhodoval SDEU v rozsudku Glencore Céréales France. I penále totiž nabíhá postupně, přičemž jeho počátek lze spatřovat v prvotním porušení předpisů Společenství. Nejvyšší správní soud k tomu dodal, že ani z textu nařízení, ani ze související judikatury nevyplývá nutnost rozdílného nahlížení na počátek, běh či délku prekluzivní lhůty podle povahy věci, resp. na nutnost odlišného nahlížení pro případ penále. Naopak judikatura směřuje k jednotnému výkladu nařízení, resp. lhůt v něm obsažených, a to bez ohledu na vlastní povahu nesrovnalosti (čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95). Nesrovnalostí pokračující, resp. opakující se, by musela být taková nesrovnalost, která by byla následkem souboru podobných operací, jimiž by bylo porušováno totéž ustanovení unijního práva (dříve citované stanovisko generálního advokáta, nebo rozsudky Vonk Dairy Products a Glencore Céréales France). V daném případě však hospodářský subjekt neučinil žádný soubor jednání, jimiž by opakovaně porušoval relevantní předpisy unijního práva. Penále bylo odvislé toliko od jediného pochybení hospodářského subjektu, kterým bylo nevrácení částky dotace ve stanovené lhůtě.
[39] Pokud městský soud (a dříve žalovaný) ve svém hodnocení s odkazem na rozsudek SDEU Alytaus, uvedl, že pokračující nesrovnalostí je porušení ustanovení unijního práva, které nadále trvá, pak pominul, že na uvedenou citaci navazuje odkaz na dřívější rozsudek SDEU ze dne 11. 6. 2015, ve věci C-52/14, Pfeifer & Langen. V posledně uvedeném rozsudku SDEU vyložil, že "je nesrovnalost 'pokračující nebo opakovaná' ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95, pokud se jí dopustí subjekt, jenž těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, kterými se porušuje stejné ustanovení unijního práva (viz rozsudek Vonk Dairy Products, C-279/05)." K tomu je třeba doplnit, že vytýkané nesrovnalosti v rozsudku Alytaus spočívaly v opakovaném neuvedení množství cukru vyrobeného nad rámec produkčních kvót při plnění podmínek víceletého subvenčního programu, díky čemuž společnost požádala o řadu neoprávněných náhrad a tyto získala. Z městským soudem odkazovaného judikátu je tedy patrné, že SDEU v něm vztáhl pojem pokračující nesrovnalost k vícenásobnému porušení podmínek víceletého subvenčního či dotačního programu, které subjekt nedodržel, a proto mu finanční prostředky byly poskytnuty neoprávněně. Nic naopak nenasvědčuje tomu, že by SDEU pod uvedený pojem zamýšlel podřadit rovněž načítání penále při nevrácení dotace (rozsudek č. j. 10 Afs 2/2026-33).
[40] Nejvyšší správní soud tak uzavírá, že čtyřletá prekluzivní lhůta podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95, má být počítána ode dne, kdy došlo k relevantní nesrovnalosti. V nyní řešené věci tedy od prvního dne po marném uplynutí šedesátidenní lhůty stanovené rozhodnutím SZIF ze dne 19. 6. 2017, č. j. SZIF/2017/0446079 - tj. ode dne 26. 8. 2017, kdy nastala vykonatelnost nadepsaného rozhodnutí. Od tohoto dne tak počala běžet čtyřletá prekluzivní lhůta podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95. Jinými slovy, v tomto ohledu nebylo možno přisvědčit závěru městského soudu (a dříve žalovaného), že prekluzivní lhůta pro zahájení stíhání podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 začala běžet teprve ode dne, kdy penále dosáhlo své maximální výše - tj. ode dne 23. 5. 2020.
[41] SZIF však zahájil řízení o zaplacení penále až dne 17. 4. 2024, tudíž mnohem později, než by bylo z hlediska dikce čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 přípustné. Nejvyššímu správnímu soudu zároveň není znám žádný úkon přerušující běh prekluzivní lhůty pro stíhání ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce téhož nařízení (ostatně ani městský soud žádný takový úkon v napadeném rozsudku neoznačil, stejně jako žalovaný v žalobou napadeném rozhodnutí). V tomto ohledu Nejvyšší správní soud připomíná, že přerušit danou prekluzivní lhůtu může výhradně úkon příslušného orgánu, oznámený dotčené osobě, který se týká vyšetřování či řízení o konkrétní nesrovnalosti.
[42] V návaznosti na shora popsané Nejvyšší správní soud zároveň dodává, že penále z titulu opožděného vrácení dotace může i po rozhodnutí o úpadku vzniknout a trvat, je-li příjemce dotace nadále v prodlení s vrácením poskytnutých finančních prostředků. Insolvenční zákon na tom nic nemění, jak ostatně vyložil v napadeném rozsudku už městský soud (bod 46). Ani stěžovatelkou odkazovaný § 170 insolvenčního zákona, jenž vyjmenovává pohledávky, které daný zákon z takového uspokojení výslovně vylučuje, totiž neznamená jejich zánik; nejde-li o specifický případ zániku dlužníka ve smyslu § 311 insolvenčního zákona, který nicméně v řešeném případě nenastal. Jinými slovy, právní úprava obsažená v insolvenčním zákoně ovlivňuje pouze (ne)uspokojení penále z titulu opožděného vrácení dotace právě v insolvenčním řízení, což však bez dalšího neznamená zánik takového penále (rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 10. 2020, č. j. 9 Afs 4/2018-65, č. 4119/2021 Sb. NSS, rozsudek téhož soudu ze dne 12. 11. 2020, č. j. 9 Afs 22/2018-46, nebo rozsudek Nejvyššího soudu ze dne 27. 4. 2022, č. j. 20 Cdo 486/2022).
[43] Byť tedy na základě všech těchto skutečností penále z titulu opožděného vrácení dotace mohlo i po rozhodnutí o úpadku vzniknout a trvat, samotné řízení o uložení povinnosti zaplatit penále nebylo zahájeno včas, neboť čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení vyplývající z čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 uběhla již dnem 26. 8. 2021, avšak řízení bylo zahájeno až dne 17. 4. 2024. Nedodržení lhůty pro zahájení řízení má pak za následek nezákonnost rozhodnutí o uložení povinnosti zaplatit penále, jelikož řízení o uložení této povinnosti už z důvodu prekluze nemohlo proběhnout. Nutno k tomu připomenout, že se v případě penále z titulu opožděného vrácení dotace jedná o samostatně posuzovanou povinnost, která je odvislá od pochybení hospodářského subjektu, jež spočívalo v nevrácení částky dotace ve stanovené lhůtě (tj. jako svébytné nesrovnalosti).
[44] Není správný odkaz městského soudu na § 11a odst. 4 větu druhou zákona o SZIF, ve znění účinném od 1. 1. 2023, že "fond zahájí řízení o povinnosti podle věty předchozí (...) nejpozději však do 4 let ode dne, kdy penále dosáhlo částky dotace, kterou je příjemce povinen vrátit." Uběhla-li totiž prekluzivní lhůta pro zahájení řízení dle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 již dnem 26. 8. 2021, nemohlo být dané řízení zahájeno ve smyslu znění zákona o SZIF, ve znění účinném až od 1. 1. 2023. Jak plyne z důvodové zprávy k zákonu č. 382/2022 Sb., kterým byl zákon o SZIF novelizován mj. i v citované části, "v § 11a odst. 4 chyběla právní úprava, do kdy je SZIF oprávněn zahájit řízení o penále." Nadto se z rozhodnutí žalovaného jasně podává, že to bylo v daném ohledu založeno na hodnocení, které vycházelo právě z čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95.
[45] Stěžovatelkou namítanou prekluzi nároku na penále tudíž Nejvyšší správní soud vyhodnotil jako důvodnou.
[46] Závěrem Nejvyšší správní soud konstatuje, že neprovedl stěžovatelkou navržené dokazování napadeným rozsudkem, neboť ten byl předmětem kasačního přezkumu. Stejně tak Nejvyšší správní soud neprovedl dokazování rozhodnutím SZIF ze dne 6. 6. 2024, č. j. SZIF/2024/0403471, odvoláním žalobkyně proti tomuto rozhodnutí a rozhodnutím žalované ze dne 17. 12. 2024, č. j. MZE77739/2024-14113, jelikož se obsahem správního spisu ve správním soudnictví nedokazuje (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2009, č. j. 9 Afs 8/2008117, ze dne 29. 6. 2011, č. j. 7 As 68/2011-75, nebo ze dne 24. 2. 2023, č. j. 5 As 173/2022-38). Nejvyšší správní soud současně pro zjevnou nadbytečnost neprovedl dokazování ani výše odkazovanými rozhodnutími Krajského soudu v Plzni jako insolvenčního soudu, protože pro rozhodnutí věci nejsou podstatná.
IV. Závěr a náklady řízení
[47] Nejvyšší správní soud ze shora uvedených důvodů shledal kasační stížnost důvodnou, a napadený rozsudek městského soudu proto dle § 110 odst. 1 s. ř. s. zrušil. Zruší-li Nejvyšší správní soud rozhodnutí městského soudu, může současně se zrušením rozhodnutí městského soudu sám o žalobě nebo návrhu rozhodnout, pokud byly pro takový postup důvody již v řízení před městským soudem a jestliže dosavadní výsledky řízení ukazují, že je možné o věci rozhodnout (§ 110 odst. 2 s. ř. s.). V dané věci by městský soud v souladu s vysloveným závazným právním názorem neměl jinou možnost než zrušit rozhodnutí žalovaného. Nejvyšší správní soud tak v souladu s § 110 odst. 2 s. ř. s. ve spojení s § 78 odst. 1 a 4 s. ř. s. rozhodl, že sám rozhodnutí žalovaného zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. V něm je žalovaný vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu (§ 110 odst. 2 s. ř. s. ve spojení s § 78 odst. 5 s. ř. s.).
[48] Protože Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek městského soudu a zároveň zrušil i rozhodnutí žalovaného, rozhodl také o náhradě nákladů řízení, které předcházelo zrušenému rozhodnutí městského soudu (§ 110 odst. 3 věta druhá s. ř. s.). Stěžovatelka měla v projednávané věci plný úspěch, a má proto podle § 120 s. ř. s. ve spojení s § 60 odst. 1 s. ř. s. právo na náhradu nákladů řízení proti neúspěšnému žalovanému.
[49] Procesně úspěšná stěžovatelka vynaložila tyto náklady na soudní poplatky: a) v řízení před městským soudem soudní poplatek za žalobu proti rozhodnutí správního orgánu [položka 18 odst. 2 písm. a) přílohy k zákonu č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích (dále jen "zákon o soudních poplatcích")] ve výši 3 000 Kč, a b) v řízení před Nejvyšším správním soudem soudní poplatek za kasační stížnost (položka 19 přílohy k zákonu o soudních poplatcích) v částce 5 000 Kč. Stěžovatelce tak náleží náhrada za zaplacené soudní poplatky ve výši celkem 8 000 Kč.
[50] Stěžovatelka byla v řízení o žalobě i o kasační stížnosti zastoupena advokátem. Náleží jí proto dále náhrada nákladů právního zastoupení v následujícím rozsahu: a) v řízení před městským soudem vykonal advokát celkem dva úkony právní služby - převzetí a příprava právního zastoupení [§ 11 odst. 1 písm. a) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (dále jen "advokátní tarif")], a podání žaloby [§ 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu]], a b) v řízení před Nejvyšším správním soudem vykonal advokát jeden úkon právní služby - podání kasační stížnosti [§ 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu].
[51] Při stanovení výše odměny vycházel Nejvyšší správní soud z § 7 ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu, podle něhož ve věcech žalob, kasačních stížností a dalších právních věcí projednávaných podle soudního řádu správního, jde-li o rozhodnutí vydané správcem daně, se považuje za tarifní hodnotu a) výše peněžitého plnění nebo cena věci anebo práva, nejvýše však částka 500 000 Kč, nebo b) částka 113 000 Kč, nelzeli hodnotu věci nebo práva vyjádřit v penězích nebo lzeli ji zjistit jen s nepoměrnými obtížemi. Výše peněžitého plnění v posuzované věci (tj. částka 6 000 000 Kč představující penále z titulu opožděného vrácení dotace) převyšuje 500 000 Kč. Odměna za jeden úkon právní služby proto činí 10 300 Kč.
[52] K této částce je podle § 13 odst. 4 advokátního tarifu dále třeba přičíst paušální částku náhrady hotových výdajů ve výši 450 Kč za každý úkon právní služby. Za jeden úkon právní služby tak zástupci stěžovatelky náležela celkem částka 10 750 Kč.
[53] Výše náhrady nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti zahrnující odměnu advokáta celkem za tři úkony právní služby a náhradu hotových výdajů tak činí 32 250 Kč. Jelikož je zástupce stěžovatelky plátcem daně z přidané hodnoty, zvyšuje se tato částka o 21 % sazbu této daně - tj. o 6 772,50 Kč.
[54] Celkovou výši náhrady nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti, včetně zaplacených soudních poplatků, tedy představuje částka 47 022,50 Kč. Žalovaný je povinen ji zaplatit stěžovatelce k rukám jejího zástupce do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

---

[Kanonická webová stránka](https://pravnianalyza.cz/judikaty/nss/8-AFS-1/2026-27)