# Nejvyšší správní soud, sp. zn. 2 Afs 54/2026

- Soud: Nejvyšší správní soud
- Spisová značka: 2 Afs 54/2026
- Číslo jednací: 2 Afs 54/2026-29
- ECLI: ECLI:CZ:NSS:2026:2.Afs.54.2026.29
- Typ rozhodnutí: Rozsudek
- Datum rozhodnutí: 29. 9. 2026
- Datum zveřejnění: 29. 9. 2026
- Klíčová slova: Daně - daň z příjmů

## Výrok

I. Kasační stížnost se zamítá.

II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.

III. Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.

## Odůvodnění

I. Vymezení věci
[1] Žalovaný vydal dne 25. 8. 2025 dodatečný platební výměr, jímž žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2022 ve výši 2 805 730 Kč. Proti tomuto rozhodnutí podala žalobkyně odvolání. O něm žalovaný rozhodl v záhlaví označeným rozhodnutím tak, že dodatečný platební výměr částečně změnil a nově stanovil doměřenou daň ve výši 2 657 910 Kč, ve zbytku odvolání zamítl (napadené rozhodnutí).
[2] Proti napadenému rozhodnutí žalovaného podala žalobkyně žalobu ke Krajskému soudu v Hradci Králové, který ji odmítl. Krajský soud vyšel z toho, že žalobkyně proti dodatečnému platebnímu výměru ze dne 25. 8. 2025 nejprve podala řádný opravný prostředek, tj. odvolání. O tomto odvolání žalovaný rozhodl podle § 113 odst. 1 písm. b) zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, tak, že mu zčásti vyhověl a ve zbývající části je zamítl. Proti tomuto rozhodnutí se žalobkyně mohla podle § 109 daňového řádu rovněž odvolat, přičemž o této možnosti byla v napadeném rozhodnutí řádně poučena.
[3] Žalobkyně však proti napadenému rozhodnutí ze dne 19. 11. 2025 nevyužila řádný opravný prostředek v podobě odvolání, nýbrž proti němu podala přímo správní žalobu. Nevyčerpala tak řádné opravné prostředky, jejichž využití daňový řád v daném případě před podáním žaloby připouští. Jelikož nebyla splněna podmínka vyčerpání řádných opravných prostředků ve správním řízení, je podaná žaloba nepřípustná.
II. Argumentace účastníků řízení
[4] Žalobkyně (stěžovatelka) brojí proti napadenému usnesení krajského soudu kasační stížností, jejíž důvody podřazuje pod § 103 odst. 1 písm. a), b), d) a e) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (s. ř. s.). Namítá, že proti rozhodnutí žalovaného ze dne 25. 8. 2025 podala odvolání, o němž žalovaný rozhodl napadeným rozhodnutím tak, že dodatečný platební výměr změnil, nikoli však zrušil. Podle stěžovatelky tím byly vyčerpány veškeré řádné opravné prostředky, které právní řád proti rozhodnutí připouští. Toto rozhodnutí totiž nebylo následným rozhodnutím žalovaného ani jiného správního orgánu zrušeno, nýbrž pouze změněno, a nadále proto existuje. Stěžovatelka zdůrazňuje, že využila opravný prostředek předvídaný daňovým řádem, tj. odvolání, o němž žalovaný meritorně rozhodl.
[5] Ačkoli žaloba byla formálně označena jako žaloba proti napadenému rozhodnutí a její petit výslovně označoval pouze toto rozhodnutí, z jejího obsahu podle stěžovatelky jednoznačně vyplývalo, že brojí též proti rozhodnutí ze dne 25. 8. 2025, na které opakovaně odkazovala a vůči němuž uplatňovala konkrétní námitky. Krajský soud proto měl žalobu posoudit podle jejího skutečného obsahu, popřípadě stěžovatelku vyzvat k upřesnění či doplnění, nikoli ji bez dalšího odmítnout. Žaloba proti rozhodnutí ze dne 25. 8. 2025 byla podána včas, neboť lhůta k jejímu podání podle jejího názoru počala běžet až doručením napadeného rozhodnutí.
[6] Stěžovatelka namítá, že krajský soud měl přezkoumat obě správní rozhodnutí, neboť rozhodnutí ze dne 25. 8. 2025 je obsahově zahrnuto do napadeného rozhodnutí. Opačný výklad by vedl k neudržitelnému závěru, že vedle sebe existují dvě samostatná a obsahově odlišná správní rozhodnutí vydaná v téže věci, což je v rozporu se základními zásadami správního řízení. Za této situace měl krajský soud žalobu věcně projednat, popřípadě stěžovatelce poskytnout prostor k odstranění vad podání či jeho doplnění. Nebylo namístě žalobu odmítnout toliko z procesních důvodů.
[7] Žalovaný se ztotožnil se závěry krajského soudu v napadeném usnesení a navrhl zamítnutí kasační stížnosti.
III. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[8] Kasační stížnost je přípustná a lze ji projednat.
[9] Kasační stížnost není důvodná.
[10] NSS předesílá, že přezkoumává usnesení krajského soudu o odmítnutí žaloby. Předmětem jeho posouzení je proto pouze zákonnost tohoto odmítnutí, která odpovídá kasačnímu důvodu podle § 103 odst. 1 písm. e) s. ř. s.
[11] Podle § 68 písm. a) s. ř. s. je žaloba proti rozhodnutí správního orgánu nepřípustná, nevyčerpalli žalobce řádné opravné prostředky v řízení před správním orgánem, připouštíli je zvláštní zákon. Toto ustanovení je konkrétním projevem subsidiarity správního soudnictví vyjádřené v § 5 s. ř. s., podle něhož platí, že nestanovíli tento nebo zvláštní zákon jinak, lze se ve správním soudnictví domáhat ochrany práv jen na návrh a po vyčerpání řádných opravných prostředků, připouštíli je zvláštní zákon (rozsudek NSS ze dne 18. 9. 2018, čj. 6 Afs 298/201824, bod 7).
[12] Jak NSS vyplývá z rozsudku ze dne 29. 5. 2014, čj. 5 Afs 91/201334, § 113 daňového řádu připouští autoremeduru v širším rozsahu než občanský soudní řád či správní řád. Správce daně totiž může autoremedurní (samonápravné) rozhodnutí vydat nejen tehdy, vyhovíli odvolání v plném rozsahu, ale i tehdy, vyhovíli mu pouze zčásti. Rozhodnutí vydané v rámci samonápravy si přitom zachovává povahu rozhodnutí správce daně prvního stupně, proti němuž lze opětovně podat odvolání.
[13] NSS v minulosti posuzoval situaci, v níž správce daně prvního stupně částečně vyhověl odvolání daňového subjektu a ve zbytku své rozhodnutí potvrdil. Proti tomuto rozhodnutí podal daňový subjekt současně odvolání i správní žalobu. Městský soud v Praze žalobu odmítl z důvodu nevyčerpání řádných opravných prostředků. Proti tomuto usnesení podal daňový subjekt kasační stížnost, kterou NSS rozsudkem ze dne 4. 9. 2020, čj. 4 Afs 140/202032, zamítl. Kasační soud konstatoval, že městský soud postupoval správně, když žalobu podle § 68 písm. a) s. ř. s. odmítl pro nevyčerpání řádných opravných prostředků. Žalobce je totiž před podáním žaloby povinen nejen řádný opravný prostředek podat, ale rovněž vyčkat rozhodnutí příslušného orgánu o tomto opravném prostředku. Podmínka vyčerpání řádných opravných prostředků je splněna teprve rozhodnutím odvolacího (případně rozkladového) orgánu o podaném opravném prostředku. Podle § 109 odst. 1 daňového řádu se lze proti rozhodnutí správce daně odvolat, nestanovíli zákon jinak. Dále podle § 113 odst. 1 písm. b) daňového řádu může správce daně o odvolání rozhodnout tak, že mu částečně vyhoví a ve zbytku je zamítne, což se stalo i v posuzované věci. Daňový řád přitom nevylučuje podání odvolání proti takovému rozhodnutí správce daně, odvolání je tedy přípustné (rozsudek čj. 4 Afs 140/202032, body 22 a 23).
[14] Z výše uvedeného vyplývá, že rozhodnutí správce daně, jímž je podle § 113 odst. 1 písm. b) daňového řádu odvolání zčásti vyhověno a ve zbývající části je zamítnuto, má povahu prvostupňového rozhodnutí. Stěžovatelka proto byla povinna vyčerpat řádné opravné prostředky, tedy podat proti tomuto samonápravném rozhodnutí odvolání a vyčkat na jeho vyřízení. Neučinilali tak a podalali správní žalobu přímo proti rozhodnutí žalovaného ze dne 19. 11. 2025, krajský soud postupoval správně, pokud její žalobu odmítl podle § 68 písm. a) ve spojení s § 46 odst. 1 písm. d) s. ř. s. Nadto byla stěžovatelka v napadeném rozhodnutí o možnosti podat odvolání řádně poučena, jak ostatně krajský soud správně poznamenal.
[15] Ostatní námitky stěžovatelky nejsou podle § 104 odst. 4 s. ř. s. přípustné, neboť se míjejí s důvodem, na němž krajský soud založil napadené usnesení. Krajský soud žalobu odmítl výlučně z toho důvodu, že stěžovatelka nevyčerpala řádné opravné prostředky proti napadenému rozhodnutí. Žalobu neodmítl proto, že by stěžovatelka v žalobě neoznačila rozhodnutí ze dne 25. 8. 2025, ani z důvodu její opožděnosti. Ostatně v rozporu s tím, co stěžovatelka tvrdí v kasační stížnosti, z textu žaloby vyplývá, že stěžovatelka výslovně označila obě správní rozhodnutí (dodatečný platební výměr i napadené rozhodnutí) a navrhla jejich zrušení. Tyto skutečnosti však nejsou pro posouzení věci rozhodné. I kdyby stěžovatelka žalobu výslovně směřovala pouze proti rozhodnutí ze dne 25. 8. 2025, stále by platil závěr krajského soudu, že v této věci nevyčerpala řádný opravný prostředek, kterým bylo odvolání proti rozhodnutí ze dne 19. 11. 2025.
IV. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

[16] Na základě výše uvedeného dospěl NSS k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty poslední s. ř. s. zamítl. O náhradě nákladů řízení soud rozhodl podle § 60 odst. 1 za použití § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti, neboť ve věci neměla úspěch. Žalovanému žádné náklady nad rámec jeho úřední činnosti nevznikly, a proto mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal (usnesení rozšířeného senátu ze dne 31. 3. 2015, čj. 7 Afs 11/201447, č. 3228/2015 Sb. NSS).

---

[Kanonická webová stránka](https://pravnianalyza.cz/judikaty/nss/2-AFS-54/2026-29)